Исходное название Совета — Совет молодых ученых Сибирского отделения Академии наук СССР (СМУ СО АН СССР). Это первый совет молодых ученых на территории СССР.
СМУ СО АН СССР создан на основании решения Бюро комитета ВЛКСМ Сибирского Отделения Академии Наук СССР от 8 сентября 1961 года. Автором идеи создания первого совета молодых ученых и всей системы Советов молодых ученых является Журавлёв, Юрий Иванович , тогда еще молодой кандидат физико-математических наук из Института математики СО АН СССР, а в будущем выдающийся советский и российский ученый-математик, Академик РАН. Идейным вдохновителем создания всей системы был академик Михаил Алексеевич Лаврентьев — основатель Сибирского отделения Российской академии наук.
Первым председателем Совета научной молодежи СО РАН стал его создатель - Юрий Иванович Журавлев. Одной из важных заслуг Юрия Ивановича Журавлева является создание на территории СССР специализированных учебных заведений — школ-интернатов (физматшкол) для одаренных детей при крупных научных центрах (СУНЦ), а также разработка механизмов отбора в такие учебные заведения. Юрий Иванович Журавлев и другие молодые ученые, вместе с академиком Лаврентьевым и ведущими сотрудниками Новосибирского научного центра Академии наук СССР, предложили вести отбор талантливых школьников по всей стране во вновь созданные спецшколы через систему предметных олимпиад. Организационно олимпиады готовил и проводил Оргкомитет при Совете молодых ученых СО АН СССР, опираясь на молодых ученых и студентов Новосибирского государственного университета.
Работа Юрия Ивановича на посту Председателя СМУ СО АН СССР получила высокую оценку как руководства Сибирского Отделения Академии наук СССР, так и руководства Советского Союза. В результате, Юрий Иванович Журавлев предложил масштабировать идею системы Советов молодых ученых в масштабах всей страны.
Многие руководители Институтов и отдельных научных подразделений (научных отделов и лабораторий) Сибирского отделения РАН в своё время также участвовали в работе головного Совета молодых ученых СО АН СССР, и Советов молодых ученых своих научных институтов. Ранее Председателями Совета молодых ученых СО АН СССР были такие известные ученые, как Анатолий Пантелеевич Деревянко (в 1974–1976 гг), Николай Захарович Ляхов, Тимонен Леонард Сергеевич и другие известные деятели Сибирского отделения Академии наук СССР, Сибирского отделения РАН и РАН.